Королем становится следующий сын Вазы Юхан III. Начало и его политической карьеры было благоприятным для Выборга. Мероприятия по укреплению обороноспособности города были продолжены. Под особым контролем короля шло строительство Рогатой крепости в юго-восточной части города. Один из угловых бастионов («рогов») - Панцерлакс - сохранился до наших дней. После строительства Горнверка (Рогатой крепости) восточная часть городской стены, перегораживавшая Выборгский мыс, стала внутренней линией обороны. Но, не смотря на это, ее состояние поддерживалось в течение всего последующего века. В 1571 году по указу Юхана III перед стеной начинается строительство больверков - дерево-земляных укреплений. В начале 1590-х город еще дополнительно укрепили, возведя у Водяных и Новых ворот по пятиугольному бастиону. Строительные мероприятия в Выборге - пример любви короля к строительсту и памятникам. Таким образом проявлялось его увлечение эстетикой и историей. В других городах Швеции (Кальмаре, Грипсхольме и др.) огромные оборонительные замки, построенные или перестроенные отцом, были Юханом «украшены» с помощью иностранных архитекторов. В результате этой деятельности историки стали называть Юхана королем-строителем.
В области внешних отношений Юхан III продолжал политику своего брата, стремясь поставить под тотальный контроль торговлю России. При заключении мира по окончании Северной Семилетней войны в 1570 г. он был вынужден объявить дорогу в Нарву свободной для всех, но постепенно снова постарался блокировать ее. Отношения между Россией и Швецией были столь напряженными, что царь Иван Грозный считал Юхана III своим личным врагом. Монархи обменивались уникальными в истории оскорбительными посланиями, тексты которых историками не публикуются в силу их скандальности. Войны, которые велись в это время, причиняли страшные опустошения территориям.